Utilisé par la Kriegsmarine dès la fin 1940, le port de Brest servira de base aux 1e et 9e flotilles ainsi qu'à plusieurs navires de bataille allemands comme le Prinz Eugen.

Bien qu'activement bombardée par la RAF et l'USAF, la base subira peu de dégats majeurs. Seules les bombes Talboy réussiront à percer le toit de plus de 7m d'épaisseur par endroits.